Le lac d'Annecy possède plusieurs exemples de petites cités lacustres et de >> sites palafittes, villages préhistoriques du Néolithique et de l'Âge du bronze final. Ils étaient implantés sur le territoire d'Annecy au bord du Thiou et tout autour du lac (à >> Sévrier, Saint-Jorioz, Talloires, Annecy-le-Vieux, etc.). Le niveau du lac était plus bas à l'époque, et les pilotis que l'on a retrouvés, notamment non loin de l'île des Cygnes, étaient des pieux enfoncés dans le sol servant d'armature verticale aux cabanes construites au bord de l'eau. Cette hypothèse a été confirmée par la découverte à Sévrier d'un four de potier encore en place au fond du lac.
Ces vestiges montrent que des populations occupaient déjà le bord du lac depuis le début du Néolithique. Dès le 6e millénaire av. J.-C., des chasseurs-cueilleurs sont présents, puis entre -4000 et -900 av. J.-C., ils ont été rejoints par des cultivateurs, des pêcheurs, des artisans bronziers et des potiers.
Les tribus gauloises des Allobroges occupent très tôt les Pré-alpes de Savoie et les rives des grands lacs, certainement dès le début du 4e siècle avant notre ère et peut-être même avant. Ces guerriers ont laissé assez peu de témoignages de leur présence ; cependant, ils ont eu très vite des contacts commerciaux avec les territoires du Piémont.
À l'occasion du passage des Alpes par Hannibal en -218, Polybe évoque pour la première fois le peuple des Allobroges, au 2e siècle avant notre ère.
En -121, les Allobroges sont vaincus par le consul Quintus Fabius Maximus dit « allobrogique ». Par la suite, malgré une forte résistance et des rébellions contre les lourds impôts romains, les Allobroges sont définitivement battus par les légions romaines en -62, ce qui ouvre leurs terres à la colonisation romaine, et donne aux Romains le contrôle du passage stratégique au nord des Alpes. Avec l'arrivée des Romains la région se romanise entièrement.
Entre la première et la seconde moitié du 1er siècle av. J.-C., un village allobroge (de simples cabanes) apparaît dans la plaine des Fins au nord du lac. Ce village aurait peut-être succédé à un > oppidum juché sur le roc du Semnoz et serait le proto-ancêtre de la ville d'Annecy et le point de départ du > vicus gallo-romain.
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